Les deux premières Méga-Matérias en votre possession, Cid et le reste de l'équipe proposeront d'aller voir comment se portent Clad et Tifa. Retournez donc à Mideel et rendez-vous à la clinique pour prendre des nouvelles de l'état de Clad qui, visiblement, n'a pas évolué depuis la dernière visite. Parlez à Tifa et un tremblement interrompra subitement la conversation. Ressortez de la clinique et vous apprendrez que ce tremblement est l'œuvre de la Rivière de la vie, fluide venu des entrailles de la Planète, qui ne va pas tarder à jaillir et très certainement détruire la ville entière. Pour combler le tout, une nouvelle Armeviendra s'inviter dans la panique en survolant la ville : il s'agit de Dernière arme, qui ne tarde d'ailleurs pas à vous attaquer. Inutile de vous inquiéter : l'Arme n'effectuera que trois attaques avant de s'enfuir, et vous pourrez la retrouver par la suite afin de l'achever définitivement. Malgré tout, les tremblements deviendront plus violents. Tifa décide alors de quitter la ville avec Clad mais, au lieu de ça, ils tomberont tous les deux dans la Rivière de la vie. Vous allez maintenant découvrir toute la vérité sur le passé sombre de Clad, puisque vous vous retrouvez dans son subconscient, au contrôle de Tifa.

Dès que vous le pourrez, commencez par vous rendre au Nord, pour suivre la scène concernant l'arrivée de Sephiroth à Nibelheim, cinq ans auparavant. Parlez à Clad et rejoignez la ville. Reparlez-lui et la séquence débutera. Ensuite, allez voir le deuxième Clad (celui situé à gauche de l'écran) et parlez-lui pour rejoindre la scène du puits. Allez maintenant voir le troisième Clad (à droite) et adressez la parole au jeune Clad, près de la fenêtre. Après le flash-back, suivez le Clad jusqu'au Nord de l'écran, pour revenir à l'arrivée de la Shinra à Nibelheim. Lorsque vous aurez compris ce qu'il s'était réellement passé, Clad reprendra ses esprits et vous vous retrouverez à Mideel, en compagnie de tout le groupe. Dans le Hautvent, faites mine de quitter la pièce et l'homme vous proposera de former une nouvelle équipe. Cait Sith, de son côté, vous proposera d'aller au réacteur sous-marin de Junon, où la troisième Méga-Matéria semble se trouver. Enregistrez votre partie et partez donc en direction de Junon. Notons tout de même qu'à partir de ce moment, il est possible de visionner une nouvelle scène optionnelle. En vous rendant dans le laboratoire au sous-sol du manoir de Nibelheim, un nouveau flash-back se déclenchera : vous apprendrez alors comment Clad et Zack se sont enfuis de Nibelheim afin de rejoindre Midgar, et dans quelles circonstances Zack est mort et Clad a survécu.

Clad ayant réintégré le groupe, il est désormais l'heure de récupérer la troisième Méga-Matéria. Pour cela, servez-vous du Hautvent pour retourner une nouvelle fois à Junon, à partir de la carte du monde. Dès votre arrivée au port de Junon, avancez jusqu'au garde shinra situé au bout de l'écran et parlez-lui afin qu'il vous propose d'emprunter l'ascenseur pour la modique somme de 10 Gils. Donnez-lui l'argent, actionnez l'ascenseur pour atteindre l'étage supérieur de la ville et ressortez. Prenez le chemin de gauche pour vous retrouver dans la rue. Après quelques pas, une scène se déclenche car Clad aura l'impression qu'il lui manque quelque chose : ne vous inquiétez pas, ceci n'est qu'une erreur de traduction et Clad aurait dû dire « Il ne manque pas quelque chose ? », le canon ayant effectivement disparu. Poursuivez votre chemin à travers les deux écrans suivants, jusqu'à arriver dans un couloir où des gardes shinra s'entraînent. Approchez-vous d'eux et suivez-les jusqu'à l'ascenseur, au Nord-ouest de l'écran. Dans l'ascenseur, la tension monte et un combat débutera contre deux Equipage sous-marin. Le combat achevé, quittez l'ascenseur et un autre combat s'enclenchera contre deux ennemis identiques aux précédents. Continuez à descendre simplement les escaliers dans les trois couloirs qui suivent, sans oublier de sauvegarder votre partie lorsque l'occasion se présentera.

Peu après, vous atterrirez dans un nouvel ascenseur. Utilisez-le pour rejoindre l'étage inférieur du complexe sous-marin, sortez-en et rendez-vous jusqu'au bout du couloir. L'immense tube en verre du réacteur sous-marin se dresse alors devant vous. Ici, il est vivement conseillé de prendre de l'avance sur l'une des quêtes du jeu en transformant l'ennemi Vaisseau fantôme : comme ça vous n'aurez pas à revenir pour le faire plus tard. Pour cela, on rappelle qu'il faut tuer l'ennemi avec la commande Trans. et non l'affaiblir avec. Quand vous serez prêt à continuer, rejoignez l'ascenseur au bout du tunnel et activez la descente grâce au bouton rose (à gauche) pour atteindre le cœur du réacteur. Traversez le long pont et sauvegardez la partie si nécessaire, avant de passer à l'écran suivant. Dans cette salle, il faudra combattre successivement les trois Equipage sous-marin et les deux Milices sous-marines pour accéder à un nouvel écran. N'ayez crainte, ces ennemis sont particulièrement faibles face à ce qui vous attend, un peu plus loin. Dans la salle qui suit, vous découvrez que la Méga-Matéria vient d'être extraite du réacteur et qu'il ne vous reste plus beaucoup de temps. Poursuivez sur la passerelle en direction de la droite et vous arriverez enfin à l'écran des sous-marins. Préparez-vous avant de vous approcher de Réno, car il ne tardera pas à vous envoyer Porte-armure.

À l'issue du combat, dirigez-vous dans la partie gauche de l'écran pour ouvrir un coffre qui contient le Bugle de combat, pour Cait Sith, puis rendez-vous au Nord de l'écran pour découvrir le sous-marin gris. Près de l'escalier, vous trouverez l'arme Cimeterre pour Cid dans le coffre et, dans le coffre au bout de l'allée, vous récupérerez l'élément-clé Ecailles-Léviathan (utile pour éteindre les flammes du mont Da-chao, à Utai). Montez les escaliers où plusieurs soldats vous attendent et, quand ceux-ci seront achevés, pénétrez à bord du véhicule. Tuez les autres Equipage sous-marin qui protégeaient l'intérieur du sous-marin et sauvegardez votre partie avant de vous rendre dans la salle de contrôle, au bout. Là-bas, vous aurez le choix entre combattre ou faire prisonnier l'équipage restant (le combat est particulièrement triste, ces soldats ayant un rapport avec le début de l'aventure). Choisissez ensuite de vous installer dans le siège et, après avoir compris comment contrôler le sous-marin, commencez la mission. Un jeu d'arcade débute alors, le but étant de trouver le sous-marin rouge et de le détruire en moins de dix minutes. Pas de problème dans cette bataille : le sous-marin rouge débutant la mission juste devant le vôtre, il ne vous reste plus qu'à tirer quelques torpilles avec [carré] (Changer) pour l'emporter immédiatement. Dès que le mini-jeu sera terminé, vous remonterez automatiquement à la surface et sortirez de votre sous-marin : un message d'aide vous indiquera alors les contrôles d'utilisation du sous-marin.

Une fois que vous aurez assimilé les contrôles, regagnez le sous-marin et descendez sous l'eau avec la touche [croix] (Annuler). Faites très attention à ne pas vous confronter à l'Arme d'émeraude, présente en ces lieux, qui terrasserait l'équipe en un rien de temps. Contentez-vous juste d'aller récupérer la troisième Méga-Matéria au Sud, en trouvant l'épave du sous-marin rouge, à condition d'avoir gagné le mini-jeu d'arcade. Dans le cas contraire, si vous avez perdu donc, il vous faudra non seulement abandonner cette Méga-Matéria mais aussi revenir dans le complexe sous-marin afin d'obtenir le sous-marin rouge. Pour ce faire, payez les 10 Gils au garde de Junon, reprenez l'ascenseur menant au complexe et passez par la porte qui était bloquée par un chien, auparavant. Les fonds marins explorés, naviguez en direction du Nord pour aller chercher la Clef des Anciens, au bout d'un petit couloir. Elle vous servira plus tard dans le jeu. De plus, il est désormais possible de visiter l'Avion Gelnika coulé, non loin de Costa del Sol, pour y récupérer bon nombre d'objets et gagner pas mal d'argent : pour cela, prière de se rendre dans la partie concernée. Lorsque vous en aurez terminé avec toutes ces quêtes, remontez à la surface et sauvegardez la partie, avant de retourner à bord du Hautvent : la prochaine destination (la dernière Méga-Matéria) est le Village de la Fusée.

Dès l'instant où vous quitterez Junon, reprenez votre Hautvent et mettez le cap vers le Village de la Fusée, pour aller y chercher la dernière Méga-Matéria. On rappelle que ce village est situé au Nord-ouest du deuxième continent, pour ceux qui l'auraient oublié. Là-bas, deux nouveaux coffres sont apparus depuis l'apparition du météore : récupérez donc le 4ème bracelet dans le magasin d'accessoires, à gauche, et la Source de protection dans le magasin d'éléments, si vous ne l'aviez pas déjà fait auparavant. Par ailleurs, vous remarquerez que la plupart des habitants contemplent la fusée d'un air inquiet. Dirigez-vous donc vers le Nord du village, où vous découvrirez que la Shinra est déjà sur place. Une fois le premier escalier atteint, un combat débutera contre deux Groupe d'attaque et s'ensuivront deux autres combats similaires (avec un Grognement de vieillard en plus pour le dernier). S'il ne fait pas partie du groupe, Cid se joindra à l'équipe vous obligeant à délaisser l'un des deux autres membres. Enlevez donc un membre de l'équipe si tel est le cas et grimpez l'échelle menant à l'entrée de la fusée. Ici, vous rencontrez Rude qui s'oppose à votre passage : un combat simple contre Turks : Rude se déclenche alors. Deux Groupe d'attaque l'accompagnent. Rude une fois à terre, pénétrez dans la fusée et un dernier combat contre un Grognement de vieillard commencera.

Rendez-vous ensuite dans le cockpit, au Nord de l'écran. Suite à la discussion avec Cid, la fusée décollera à destination du Météore. Cid vous révèlera la présence d'une nacelle de secours, dans la fusée, pour les urgences comme celles-ci. Seulement, il vous faudra tout d'abord récupérer la Méga-Matéria. Empruntez la porte à droite de l'écran pour atterrir devant une échelle, dont vous vous servirez pour rejoindre l'étage supérieur. La Méga-Matéria à votre portée; Cid expliquera qu'il est nécessaire de composer un code d'accès pour déverrouiller la vitre. Rentrez donc le code [rond], [carré], [croix], [croix] (Ok, Changer, Annuler, Annuler sur PC) et vous obtiendrez la dernière Méga-Matéria. Faites marche arrière jusqu'à la salle de contrôle puis partez vers le Sud pour descendre une autre échelle. Marchez encore un peu et une explosion se déclenchera, faisant tomber des débris sur Cid. Shera arrivera alors, vous aidera à le libérer et vous mènera ensuite jusqu'à la nacelle de secours, d'où vous fuirez la fusée. Après la cinématique du Météore percutant la fusée, vous vous retrouverez à bord du Hautvent et Nanaki proposera de rendre visite à Bugenhagen, au Canyon Cosmo. N'y allez pas tout de suite mais posez-vous pour retourner au Village de la Fusée. Là-bas, parlez trois fois de suite au vieil homme qui contemplait autrefois la fusée et il vous remettra une très belle récompense : Evangile de Vénus, la dernière arme de Cid. Il ne vous reste plus qu'à regagner le Hautvent et à décoller pour le Canyon Cosmo.

Montez jusqu'en haut du canyon pour atteindre le laboratoire de Bugenhagen et parlez-lui. Pour comprendre quel était le but d'Aéris en mourant, celui-ci décide de vous accompagner jusqu'à la Cité des Anciens. Juste avant de partir, il vous montrera comment vous servir de l'élévateur de son laboratoire, afin d'y placer les Méga-Matérias obtenues (quatre au maximum). Si vous êtes en possession de la Méga-Matéria bleue (seulement si vous n'avez raté aucune Méga-Matéria), approchez-vous-en dès maintenant afin d'acquérir une nouvelle invocation, Bahamut ZÉRO : pour cela, il faudra être en possession des invocations Bahamut et Néo Bahamut. Si vous avez perdu l'une des Méga-Matérias, ce sera forcément la bleue et vous devrez attendre le disque 3 pour pouvoir déterrer la dite invocation, au Village des ossements. Consultez cette page pour plus de détails. Touchez désormais n'importe quelle Méga-Matéria et choisissez l'option Redescendre afin de quitter le laboratoire. Une fois descendu, vous vous retrouverez à nouveau dans le Hautvent et Bugenhagen montera sur le pont, en attendant que vous le conduisiez jusqu'à la Cité des Anciens. Discutez avec le pilote pour décoller et partez donc à destination de la cité. Pour cela, vous pouvez vous poser avec le Hautvent dans la crevasse située à l'Est du Village des ossements et rejoindre l'espèce d'arbre, au bout de l'allée. Sinon, vous pouvez traverser la Forêt endormie et la Vallée de Corral, comme vous l'aviez fait au disque 1 (mais c'est plus long).

Dans la Cité des Anciens, prenez le chemin de gauche puis, sur le nouvel écran, le chemin en haut à droite. Bugenhagen apparaîtra alors et se rapprochera du centre de la salle. Contournez la salle par le Nord (sans descendre les escaliers) et vous atterrirez en haut d'un escalier. Descendez et rejoignez le centre de la salle à l'aide de la poutre ici présente. Bugenhagen tentera, en vain, de déchiffrer l'écriture des Anciens. Pour pouvoir poursuivre la scène, il faudra donc lui fournir un objet : la Clef des Anciens. Si vous ne l'avez pas, allez la chercher sous l'eau au Nord, avec votre sous-marin, afin d'enclencher le mécanisme de la boîte à musique. Traversez la cascade et observez la séquence cinématique. Après cela, faites mine de repartir et votre PHS sonnera (à moins que Cait Sith soit dans votre équipe). Il vous signalera le déplacement du canon Sœur ray à Midgar et une nouvelle cinématique débutera. Repartez enfin hors de la Cité des Anciens et regagnez le Hautvent. Un tremblement viendra alors perturber le groupe : une Arme surgira brusquement de l'eau et semblera se diriger vers Midgar. Le groupe décide finalement d'aller affronter ce colosse. Pour ce faire, rendez-vous près de Midgar et posez-vous avec le Hautvent. Préparez-vous bien, sauvegardez la partie et attendez que l'Arme atteigne le continent pour commencer la bataille face à l'Arme de diamant.

Lorsque vous aurez suffisamment affaibli l'Arme, la Shinra se chargera alors de l'anéantir. Observez la cinématique du canon, qui détruira la barrière qui encerclait le Cratère Nord, et partez en direction du Cratère Nord pour constater les dégâts causés, grâce au Hautvent. Comme le signale Clad, le barrage énergétique de Sephiroth a disparu et vous vous apprêtez donc à rentrer dans le cratère afin d'en finir une bonne fois pour toutes. Néanmoins, Cait Sith intervient en expliquant qu'il reste un dernier ennemi du clan Shinra à arrêter avant le combat contre Sephiroth : Hojo. En effet, ce dernier essaie de se servir du canon, et il est désormais l'heure pour vous de retourner à Midgar pour l'en empêcher. Enregistrez la partie avant de poursuivre l'aventure et survolez Midgar avec le Hautvent histoire d'être parachuté au-dessus du Secteur 8, où se trouve le canon. Il est également à noter qu'avant de retourner là-bas, vous avez la possibilité d'entreprendre la quête consistant à vaincre Dernière arme, qui avait été combattue à Mideel un peu plus tôt. Elle attend au-dessus d'un cratère rempli d'eau, près de Junon, et s'enfuira après le combat : vous serez alors contraint de partir à sa recherche pour la retrouver, l'affaiblir et la vaincre. Dans le cas où elle s'arrêterait au-dessus de Midgar, vous seriez toutefois obligé de continuer l'aventure, à défaut de survoler la ville.

Pour poursuivre l'aventure, il faudra donc se rendre une dernière fois à Midgar afin de stopper Hojo : pour cela, survolez la ville en Hautvent et vous serez parachuté. Dès l'atterrissage dans le Secteur 8, Cait Sith proposera de passer par les souterrains pour rejoindre le canon. Suivez-le donc dans la ruelle et sauvegardez la partie si besoin est avant de lui reparler. Empruntez l'échelle pour descendre dans la première partie des souterrains et, déjà, deux chemins s'offrent à vous. Prenez d'abord le chemin du haut, traversez le grillage et continuez à marcher le long des différentes passerelles. Lorsque vous arriverez devant le mur, longez le tuyau du côté gauche pour trouver un coffre contenant un Elixir. Réitérez la manipulation mais, cette fois-ci, du côté droit pour un Mégalixir. Revenez maintenant sur vos pas pour emprunter le chemin du bas, descendez l'escalier et utilisez l'échelle qui vous mènera au second écran. Ici, rendez-vous au Nord-ouest pour grimper sur une nouvelle échelle, qui vous ramènera à l'écran précédent. Poursuivez votre ascension et ouvrez le coffre pour obtenir un Bracelet Aégis. Faites ensuite marche arrière pour retourner au second écran et marchez vers l'Est, jusqu'au bout de l'allée. La passerelle s'écroulera et Clad sautera pour atterrir sur un tuyau : à partir de celui-ci, dirigez-vous vers l'Ouest pour atteindre deux échelles accolées au tuyau, qui vous ramèneront à l'écran précédent. Il ne vous reste plus qu'à rejoindre l'entrée du conduit d'aération, afin de continuer la route.

Là, vous apercevrez deux coffres : celui de droite renferme un Elixir et l'autre, le Téléphone d'étoiles. Utilisez l'échelle pour rejoindre la zone inférieure et sautez à droite pour arriver devant un conduit. Rentrez-y et, une fois à l'autre bout, empruntez l'échelle pour ramasser le Rayon maximum. Il faut à nouveau revenir à l'écran précédent pour, cette fois-ci, remonter l'échelle, poursuivre la route et gravir les escaliers, au Nord. Sauvegardez et faufilez-vous dans le conduit pour atteindre la seconde partie des souterrains. Une fois à terre, tâchez de partir vers le Sud pour ne pas déclencher tout de suite un combat de boss. Traversez les différents écrans (qui se ressemblent) en récupérant dans l'ordre une Source de pouvoir et une Source de protection. Continuez dans ce sens pour ramasser une Source spirituelle et une Source de magie, malgré l'avertissement de Nanaki s'il n'est pas dans l'équipe. Pour finir, vous parviendrez à un écran où se trouvent un point de sauvegarde et la Matéria Elément-W (qui pourra vous servir à dupliquer les éléments). Une impasse vous empêchera de continuer dans ce sens-là. Il faudra donc revenir sur vos pas jusqu'à l'écran de l'échelle. Poursuivez votre route vers le Nord et les Turks vous interpelleront. Si vous aviez fait la quête d'Utai, ils vous proposeront de combattre ou non (il est conseillé d'accepter pour gagner de l'EXP et des AP). Dans le cas contraire, le combat contre Turks : Elena et ses acolytes est obligatoire, même s'il existerait une autre astuce pour l'éviter.

Le combat terminé, continuez vers le Nord jusqu'au nouvel écran, où la route se sépare en deux. Prenez à droite et poursuivez la route jusqu'à ce qu'un nouveau croisement s'impose. Empruntez le chemin de gauche (celui de droite étant bloqué par des pierres) et vous découvrirez une échelle à grimper pour atteindre le Bâtiment Shinra. Approchez-vous de l'entrée et pénétrez-y malgré Cait Sith (s'il n'est pas dans l'équipe). Montez les escaliers pour arriver au premier étage et entrez dans le magasin au Nord-est de l'écran. Lors de votre première visite, deux coffres étaient verrouillés : ils sont maintenant à vous. En les ouvrant, vous obtiendrez respectivement le Bunker à gauche et le Poing maître à droite. Ressortez et prenez l'ascenseur jusqu'au 59ème étage. Prenez les autres ascenseurs au Sud-est de l'écran et choisissez d'aller au 63ème étage. Dans la pièce centrale, vous trouverez la Lance croissance. Montez maintenant au 64ème étage et rendez-vous dans les vestiaires. Ouvrez le placard tout au fond pour vous procurer Cri HP, la dernière arme de Cait Sith. Si vous aviez mis de l'argent dans le distributeur de la salle de sport, au disque 1, retournez-y et choisissez l'option « Taper dessus » pour obtenir une Source spirituelle et une Source de rapidité. Ensuite, reprenez l'ascenseur jusqu'au 59ème étage et passez par les escaliers de derrière, juste en face. En descendant, vous finirez par trouver la Corne béhémoth pour Nanaki. Quittez désormais le bâtiment pour retourner à l'échelle d'où vous venez.

De nouveau dans les souterrains, partez à deux reprises vers le Sud pour revenir au croisement. Désormais, optez pour le chemin de gauche et vous vous retrouverez dans une ruelle. Dirigez-vous vers le Nord : Scarlet et Heidegger s'interposeront, avant de vous combattre à bord de leur nouvelle création : leSuperbe Lourdaud. Rendez-vous au bout de la ruelle une fois que vous aurez vaincu le boss. Ouvrez les deux coffres étant côte à côte pour obtenir un Elixir et un Mystile, puis sauvegardez votre progression. Il est conseillé de prendre Barret dans l'équipe avec le PHS s'il n'y est pas, car vous en aurez besoin pour que le coffre contenant sa dernière arme apparaisse. Montez les escaliers pour arriver au prochain écran où d'autres seront à grimper. Entredeux rangées d'escaliers, vous trouverez un coffre renfermant donc la dernière arme de Barret : le Manuscrit absent. Poursuivez votre ascension et rendez-vous vers la droite afin de rencontrer Hojo. Entamez une discussion avec lui afin qu'il vous apprenne un élément important du scénario et qu'il soit pris d'une folie soudaine. Un combat débute alors contre les trois formes successives d'Hojo. Lorsque vous en aurez fini avec lui, l'équipe rejoindra le Hautvent pour discuter une dernière fois avant d'envisager le combat final, au Cratère Nord. D'après Nanaki, le Météore devrait s'abattre sur la Planète dans une semaine, ce qui laisse le temps à chacun de rendre une dernière visite à ses proches. Tifa et Clad, eux, passeront une nuit en dehors du Hautvent avant de retrouver les six autres coéquipiers au petit matin. Le disque 3 s'enclenchera ensuite sur le pont du Hautvent, juste au-dessus du Cratère Nord.